Jahtklubi loomise algatasid mõned tsaarivenemaa mereväeohvitserid eesotsas sadamaülema Dmitri Luhmanoviga, kes koostas ka Pärnu Purjeklubi esimese põhikirja projekti. 21. juunil 1906 kirjutasid Julius Dicks, Anatoli Palibin, Dmitri Luhmanov, Artur Fröhling ja Christjan Meybaum alla palvekirjale, milles taotleti Mereministeerumilt Pärnu Purjeklubi asutamine koostatud põhikirja järgi heaks kiita.Seega tuleb 21. juunit 1906. a. klubi asutamise ajaks ja neid härrasid asutajaliikmeteks lugeda.

17. novembril 1906 registreeriti klubi Kubermangu kantseleis.

27. mail 1907 peeti asutamiskoosolek, kus esimeseks kommodooriks valiti Dmitri Luhmanov, sekretäriks Anatoli Palibin ja kassapidajaks C. W. Meybaum. Registreeriti 3 jahti – Nora,, Pai ja Anna. Auliikmeteks nimetati: sadamaülem, II järgu kapten V. N. Denissov, sadama ehituse juhataja V. P. Nazarov ja tolleaegne Pärnu linnapea Oskar Brackmann.

Tegelikult ei tähendanud Purjeklubi loomine üldse mitte seda, et alles nüüd tulid jahid Pärnusse ja algas purjetamine. Pigem algas nüüd klubitegevus, sest XX saj vahetusel olid jahid Pärnus täiesti olemas, registreeritud olid need aga teistes linnades.
Ei saa ka väita, et see klubi poolt 1907 a korraldatud võistlus oleks esimene olnud. On säilinud üks artikkel 1883 a Pärnu Postimehest, mis kirjutab, et 10. juulil 1883 a oli Pärnu jõel suur paatidega võidupurjetamine, millest võisid osa võtta kõik, kellel paat oli. Kui palju neid paadiomanikke just oli, sellest ajaleht kahjuks ei kirjuta. Samas oli tegemist lausa rahvusvahelise võistlusega, sest ajalehe järgi võitis teise koha ja hõbedast tuletiku toosi üks Inglise aurulaeva kapten. Esimese koha ja laevakompassi võitis – tsiteerin ajalehte – üks vene alam ja päälegi eestlane. Võitja nimi oli Jaan Aadu poeg Hermann, vaese kaluri poeg, kelle paadi ja purjede üle olla seal enne kõvasti naerdud. Alates 65 aastast on Jaan Hermanni nimeline mälestusvõistlus üks Pärnu Jahtklubi traditsioonidest.

28. märtsil 1908 a. valiti uueks kommodooriks William Bett, viitsekommodooriks kapten Meybaum. klubil oli 48 tegevliiget ja 5 auliiget. Auliikmeteks valiti lisaks kolmele veel Dmitri Luhmanov ja Pilar von Pilchau, Baron Exc. – Liivimaa Rüütelkonna maamarssal, Audru mõisnik (oli Saksa okupatsiooni ajal 1918. a. novembris baltlaste ‘Balti hertsogiriigi ‘ regentnõukogu eesotsas). Klubis 7 alust.

Esimene klubimaja ehitati 1909. aastal. H. Schmidti firmalt saadi Loosi all tasuta krunt (asukoht sama, mis praegugi). Projekti tegi tasuta arhitekt E. von Wolffeldt ja 16. augustil anti hoone klubile üle. Pidulikul lipuheiskamisele ja jahtide paraadile järgnes õhtul bankett Rannasalongis. Sügisel võeti klubi Balti Purjespordi Liidu liikmeks ja uueks nimeks sai üldkoosoleku otsusel Pärnu Jahtklubi. Esimene klubihoone põles maha saksa tseppeliini õhurünnakul 1915. a. lähedale nn Anne auku langenud pommi plahvatuse tagajärjel.

1910. a. oli Pärnu Jahtklubis registreeritud 11 alust. Pärnus korraldati Balti Purjespordi Liidu lahtised võistlused. Pealtvaatajad said võistlusi jälguda aurikult Vasa.

Peale I Maailmasõda alustas klubi tegevust 1922. a. Nüüd olid asutajaliikmed Reinhold Pulst, Oskar Mitt ja Paul Silivelja, kes esitasid palvekirja Viljandi-Pärnu Rahukogu administratiiv-osakonnale. Palvekiri registreeriti 17. märtsil 1922. a.

Uus klubihoone (teine) valmis aastal 1924.

30-ndatel aastatel ehitati klubis paate, sellega tegeles pootsman Üksti. Oma töökojas Tallinna maanteel ehitasid vennad Ildid kiiljahi Jan, mis seisis klubi sillas. Jaht oli üks vähestest, milline oli veel peale sõda kasutusel. Viimastel aastatel enne sõda ehitas Arthur Vichmann Jannseni tänaval lontmaakri kuuris mootorjahti, mis olevat olnud määratud president Pätsile. Laev valmis ei saanud vaid põles sõja ajal koos kuuriga. Eespool nimetatud Arthur Vichmann oli ise peale sõda esimene klubiülem, peale teda tuli Shults. Neil aastatel oli Pärnu Jahtklubi silmapaistvamaks kaugpurjetajaks dr. Villems – Pärnu haigla peakirurg. Oma jahiga, kajutiga svertpaadiga Kajakas, purjetas ta igal suvel Läänemerel, kaugeim sadam Kopenhaagen.

25. mail 1935 peeti üldkoosolek, kus uuendati 1922. a. põhikirja. klubil oli 53 liiget.

4.-5. juulil 1936. a. tähistati Pärnu Jahtklubi 30. aastapäeva juubeliregatiga, millest võttis osa 22 jahti Eestist, Lätist ja leedust. Võistlusraja pikkus lahel oli 12 miili. Võistlusi said pealtvaatajad jälgida jäälõhkujalt Merikaru. 4. juulil oli pidulik koosolek teatris Endla ja peale selle koosviibimine klubi liikmetele ja kutsutud külalistele. Jahtklubile anti üle tuntud Pärnu muusikategelase hr. N. Goldschmidt’i komponeeritud lipumarss. 30. aasta-päeva regatist on säilinud hulgaliselt ajaleheväljavõtteid, säilinud on ka lipumarsi noodid.Klubil oli 58 liiget, 9 jahti ja 11 mootorpaati. Kommodoor Voldemar Vau, asekommodoor August Hanschmidt, laekur O. Fröhling, sadamakapten A. Jansen, varahoidja P. Randpõld, majavanem L. Kangur, sekretär E. Bliebernicht. Hooaeg algas 31. mail ja lõppes 27. septembril.

1939. a. avati hooaeg 28. mail. Tol ajal võtsid tihti avamisest osa Läti jahid, seekord oli neid 5. Pärnu kuurordi 100. juubelit tähistati regatiga 8.-9. juulil. Osavõtjaid jahte oli 20, neist 11 Lätist. Võistlusi võis vaadata aurikult Valter, pileti hind oli 1 kroon. Võistluste lõpetamine ja võitjate autasustamine toimus Suvekasiinos (?). Peale võistlusi tõusus torm, milles said kannatada kojupurjetavad Läti jahid, osa neist olid Pärnus tormivarjus. Suvel külastas Pärnut 2 Rootsi mootorjahti. Hooaeg lõpetati 24. septembril lipulangetamise ja omavahelise koosviibimisega.

Kui rääkida II maailmasõjast, siis 1944 a sügisel kui venelased Pärnu poole tulid, otsustati klubi varad päästa. Kõik rändauhinnad jagati klubi liikmete vahel vastavalt saavutustele. Karikate jagamisel tuli saajatel arvestada, et kui poliitiline olukord Eestis muutub, siis kuuluvad auhinnad klubile tagastamisele. Tühine osa väärtuslikust varast on ringiga ka tänaseks tagasi jõudnud, ülejäänu ilmselt jääbki kadunuks.

Peale teist maailmasõda alustati uuesti tegevust 1946 aastal. Kuna Pärnule kinnitati riigi piirilinna staatus, siis praeguses Jahtklubis oli tollel ajal piirivalve vesilennukite sadam. Seetõttu on erinevatel aegadel ja erinevate inimeste otsustusel olnud jõel keelatud nii purjetamine kui ka sõudmine.

Klubil arhiivis on säilinud 1952 aastast üks registreerimisraamat, kuhu kõik, kes klubi territooriumile sisenesid, pidid ennast väravas kirja panema, ja mitte ainult külalised, vaid ka liikmed ja töötajad. Sadamast väljasõit tähendas suurt paberimäärimist ja pitsatite korjamist. Sellegipoolest jõudsid meie jahid juba 60ndatel aastatel nii Laadogale, Oneegale kui Kaliningradi.

1967. aastal moodustati Pärnu jahtklubi nais-komisjon, kelle ülesandeks jäi klubi kaunistamine ja näitliku agitatsiooni korraldamine. Muhu Väina regatilt tõi Gaselli meeskond esikoha ja see tulemus oli kodulinna avamerepurjetajate esimene suurem võit. 18. oktoobri torm põhjustas klubile suuri kaotusi: väike hoone jahtklubi taga jäi pooleteise meetri kõrguselt vee alla, lained olid lahti rebinud ja minema uhtunud ukse ja trepi, aknad oli puruks. Pliit ja ahi olid rivist väljas. Jahtklubi töökoda oli ligi 80 cm kõrguselt üle ujutatud. Ruumis olnud materjalid ja paadid olid segi paisatud ja ühe seina äärde kuhjatud. Tõusuvesi oli minema viinud M-klassi svertpaadid Harakas ja Nepp.

1969. aastal käis Sulevi meeskond pikal merematkas Oneegal ja Laadogal purjetamas, korraldati esimene Jaan Hermanni mälestusvõistlus. Selle aasta “musta kroonikasse” võib kanda kiiljahi Prangli hukku Sorgu saare lähistel, mis õnneks lõppes inimohvriteta.  1970. aasta on märkimisväärne selle poolest, et kalakombinaat ostis Pärnusse esimese L-6 jahi. Leningradis valminud alusele pandi nimeks Kerberos ja temast sai klubile üks enim kuulsust kogunud jahtlaev. Kerberose meeskond võitis Peeter Sõbra juhtimisel Muhu väina regati kolm korda järjest.

Peeter Sõber oli esimene Pärnu jahtklubi purjetaja, kes täitis avamerepurjetamises N Liidu meistersportlase normi.  1971. aastal ostsid Pärnu KEK, autobaas ja kalakombinaat oma sportlastele Tallinnas ehitatud DN-klassi jääpurjekad. Samal aastal pani Joel Kukk Vikeros käima jääpurjekate ehitamise, mis kestis kuni firma sulgemiseni 1995. aastal.  1975. aastal toodi Poolast Pärnusse esimene plastkerega kiiljaht, millele pandi nimeks Türi. Jahtlaevade Peeter ja Kerberos meeskonnad teenisid Muhu Väina regatil kaksikvõidu.

1978. aastal toimus Pärnu lahel 22. juunist – 30. juunini rahvusvaheline noorte purjespordinädal, kus osales 155 svertpaati Ungarist, Saksa DVst, Rumeeniast, Tšehhoslovakkiast, Poolast, Soomest ja N. Liidust. Sel puhul värviti üle elling ja klubi puhketuba, paigaldati uued traatvõrgust piirdeaiad ning pandi püsti kaks välikäimlat.

1981. aasta 18. juulil hävisid tulekahjus jahtklubi hoone ja paadikuur. Süttimise põhjust ei suudetud kindaks teha. Jahtklubi taastamistöödega tehti algust 1983. aastal, kui Soomest toodi kokkupandav elling.  1988. aasta 22. veebruaril tegi Peeter Volkov juhatusele ettepaneku töötada välja tulevase klubihoone ruumiprogramm, milles tuli ette näha jahtklubi maja perspektiivis 2050. aastani.  1989. aasta kevadel asutati Eesti Jahtklubide Liit. Liidu põhikirja projekti koostamisel osalesid aktiivselt paljud Pärnu jahtklubi liikmed. Asutamiskoosolekule, mida kutsuti liidupäevaks, lähetati Pärnu Jahtklubist Mati Hool, Peeter Volkov, Tõnu Urbanik, Joel Kukk, Peeter Sõber, Riho Prints, Paul Kaevand, Ants Vesilo, Aleksander Beloglazov, Ago Raudsepp, Vello Tarem, Enn Pihla, Rähn, Rein Pihhus, Viktor Feofanov, Ilmar Mändmets ja Jaak Paulberg. Samal aastal tõid jahid Marilyn, Ave ja Terje Warnemünde regatilt koju kolmikvõidu.

15. detsembril võttis Pärnu linna täitevkomitee (mis peagi nimetati ümber linnavalitsuseks) vastu otsuse moodustada riiklik väikeettevõte “Pärnu Sailing & Business Company” ja registreeris selle põhikirja. Firma etteotsa asus Pärnu jahtklubi kommodoor Peeter Volkov.  1991. aasta märkimisväärsein sportlik saavutus oli Rein Veideri hõbemedal DN-klassi jääpurjetamise Euroopa meistrivõistlustel Haapsalus. Kaks aastat hiljem kordas Veider oma vägitegu Austria EMil.  Uue klubihoone ehitusega tehti algust 1990. aasta oktoobris ja novembris pandi nurgakivi. 1992. aasta märtsiks jõudis uus klubihoone sarikate alla.

Uus maja avati pidulikult 1993. aasta 27. novembril. Ajalehe Pärnu Postimees esiküljeloos võis lugeda: “Masti tõmmati jahtklubi uus lipp, lõigati läbi lint ukse ees ja jätkati õnnitlustega juba maja sees. Kuna enamik külalisi tuli sellest uksest sisse esimest korda, ekskurseeriti mõlema korruse ruumides, ja nagu kuluaarivestlustest aru võis saada, jäädi nii maja omapärase lahenduse kui tööde teostusega väga rahule. Jahtklubi uue hoone esimesel korrusel on väike kõrts, suur fuajee, saun ja jõusaal, teisele korrusel Pärnu sadama ja jahtklubi kontorid, paari eraaktsiaseltsi ruumid ja 16 voodikohaga pansionaat.”

Spordisündmustest väärib märkimist, et 1993. aastal korraldati Pärnu jahtklubis esimene Kesknädala Ringi purjetamisvõistlus.  1994. aasta läks Pärnu Jahtklubi ajalukku Finn klassi maailmameistrivõistluste korraldamisega. Hooaja avamisele lisas pidulikkust rahvusvahelise Sinise lipu üle andmine, mis tähendas jahtklubile enda poolt võetud ülirangete keskkonnakaitseliste tingimuste püstitamist ja nendega toime tulemist. Pärnu Jahtklubi tõestas end suurvõistluste korraldajana parimast küljest, tulles toime isegi esimesel võistluspäeval ajakirjanikke jahmatanud sidekatkestustega merelt, nagu ka kultuuriprogrammiga, mis selliste maailmanime kandvate sündmustega ikka kaasas käib. Õhtuti esinesid jahtklubi restoranis tuntud solistid Silvi Vrait, Vello Orumets ja Tõnis Mägi.

Sama aasta sügisest käivitas Joel Kukk jahtklubis kolmapäevased mälumänguõhtud, millest juba mõne aasta pärast kujunes ülipopulaarne võistlussari nii klubi liikmetele kui linnarahvale. 

1995. aastal, pärast 87. aastast vaheaega nimetati Pärnu jahtklubis auliikmeid. Väärika tunnustuse teenisid kauaaegne jahtklubi juhataja ja kroonikakirjutaja Peeter Sõber, jahtklubi arengule õla alla pannud ettevõtja Jaak Paulberg, jääpurjetajast tippsportlane Rein Veider ning põhjanaabrid John Jansson ja Rauno Alatalo, kellel olid hindamatud teened välissuhete arendamisel.

1997. aastal tunnistati Pärnu jahtklubi sadam Eesti parimaks väikesadamaks.  22. jaanuaril 1998. aastal nõustus Pärnu jahtklubi juhatus AS Pärnu Sadama ettepanekuga, et Pärnu linn seab hoonestusõiguse kinnistul Lootsi 6 AS Pärnu Sadama kasuks, määrates maa-ala kasutusfunktsioonideks mereturismi, purjetamise, võistluspurjetamise, huvi-meresõidu arendamise. Samal ajal nõustus jahtklubi 240 000 kroonise kliendilepingu tasuga aastas üheteistkümneks aastaks. Esimese Watergate regati võitis Calva suuremate ja Edasi väiksemate jahtide grupis. Sel aastal vähenes töötajate arv Pärnu jahtklubis kahele inimesele, sest majandustegevus oli jahtklubist kliendilepinguga sadamale delegeeritud.  

1999. aasta märtsis võitis Marjaliisa Umb Pärnu lahel toimunud esimestel noorte jääpurjetamise Euroopa meistrivõistlustel klassis Ice Optimist kuldmedali ja Janno Hool krooniti Haapsalu lahel DN-klassi Euroopa juunioride meistriks. Mati Hool tuli DN-klassi Euroopa meistrivõistlustel viiendale kohale ja oli neljas Euroopa karikavõistlustel.

2000. aastal sai jääpurjetaja Mati Hool Rootsis MMil viienda koha. Marjaliisa Umb ja Merili Randmaa võitsid Poolas noorte jääpurjetamise EMil vastavalt hõbe- ja pronksmedali. Suvel võitis Umb Itaalias Garda järvel Optimist-klassi Euroopa hõbeda. Järgmisel aastal võitis Merili Randmaa Zoom8 klassi Euroopa meistrikulla.

Järgmistel aastatel tõid Pärnu jahtklubi noored jääpurjetajad Jaan Akermann, Terje Lepik, Rando Randmaa, Karl Hannes Tagu ja teised nii Euroopa kui maailmameistrivõistlustelt igat värvi medaleid.

2005. aasta jaanuaritorm ehmatas vooditest välja peaaegu kõik Pärnu elanikud, kui vesi hakkas kiiresti üle kallaste tõusma. Pärnu jahtklubi territooriumil ulatus tõusuvesi peahoone ukseni. Õnneks oli maja ehitatud piisavalt kõrgele soklile, kuid halvem oli lugu angaari ja töökojaga, kus vesi märjutas paadiehituseks virnastatud kuiva puitmaterjali, rikkus palju tööriistu ja uputas hulga jääpurjekaid. Kuigi ükski talvekorterisse pandud Pärnu jaht tormis kannatada ei saanud, ujusid paadid jahtklubi õues koos jäätükkidega vabalt ringi. Mootorkaatri Merihärg vöör vaatas lausa sisse treenerite toa aknast, selle klaasi küll lõhkumata.  Selle aasta üllatajad olid Merili Randmaa ja tema Tallinnas elav paariline Agnes Lill, kes suutsid Peterburis võita 470-klassis neidude maailmameistri kulla.

2006. aastal tähistati suurejooneliselt jahtklubi juubelit. Sünnipäevapidustuste kulminatsioon oli juulis toimunud juubeliregatt. Hooaja lõpupeol said klubiliikmed ja nende külalised esimest korda käes hoida mahukat raamatut kodulinna purjetamise ajaloost ja tänapäevast. 

2007. aastal lõpetati leping AS Pärnu Sadamaga ja taas oma varade peremeheks saanud klubi hakkas tegelema majandamisega.

2008. aastal Jahtklubis asus tööle uus peatreener Argo Kruusmägi ja alustati Pärnu Jahtklubi Purjespordikooli loomist.

2009. aastal ehitati purjespordikooli hoone. Alustati BlueSail24 jahtidel Match Race võistluste läbiviimist. Klubi õuele ehitati lastele mängulaev Arabella. Traditsioonilise Ruhnu regati raames kingiti Ruhnu koolile purjetamise algõpetuse alustamiseks Optimist klassi paat. 

2009. aasta üldlaulupeo tule lauluväljakule toimetamiseks oli korraldatud ülemaaline üritus “Tule tulemine”. PJK oli üheks võõrustavaks sadamaks ja toimus rahvarohke laulupeotule vastuvõtmine ja ärasaatmine.

Otsustati renoveerida klubi peahoone. Selleks koostati projekt Pärnu Jahtklubi Merenduskeskuse arendamiseks, millele saadi toetust EAS-ist ja puudujääv summa laenati. Alustati ehitamist.

2010. aastal kehtestati detailplaneering jahtklubi kinnistul. 

Jahtklubi naisliikmed viisid läbi väga eduka heategevuskampaania purjespordikoolile sisustuse ja vahendite hankimiseks.

Kevadel avati renoveeritud klubihoone. Rajati klubiruum, täielikult uuendati restoran ja köök. Klubiliikmete ja külalispurjetajate käsutuses on korralikud pesu- ja saunaruumid.

Pärnu Jahtklubi alustas Kalevi Jahtklubiga koostööd Muhu Väina regati korraldamisel.

2011. aastal meie klubi liige Uku Randmaa purjetas üksinda ümber maakera.

Pärast aastatepikkust üritamist õnnestus Pärnu lahele kehtestada kalavõrguvabad purjetamisalad.

Toimus jahtklubi rajamise 105. aastapäeva pidulik tähistamine ning seoses sellega anti välja ka teemakohane raamatuke.

Pärnu Rotary Klubi eestvõttel paigaldati jahtklubi õuele Kihnu Jõnnu mälestusmärk, mis sai kiiresti populaarseks.

2012. aastal korraldati Põhjamaade Noorte Meistrivõistlused purjetamises, mis olid rahvarohked ja õnnestusid eeskujulikult. Alustati ettevalmistusi ORC jahtide tiitlivõistluste korraldamise taotlemiseks PJK-le.

2013. aasta kevadel paigaldati kaks uut ujuvsilda. Nüüd ei ole enam vajadust sildu sügisel välja tõsta ja kevadel jälle vette lasta. Pärnu Jahtklubi sai õiguse läbi viia 2015. aasta Euroopa meistrivõistlused ORC avamerejahtidele. Alustati regati ettevalmistamisega.

2016. aastal ehitati svertpaatide jaoks ujuvslipp koos kaldakindlustusega ning renoveeriti olemasolev betoonslipp. Osaliselt parandati territooriumi asfalt katet. Otseti Lootsi 1 kinnistu, et tagada kütuse müük veesõidukitele koostöös Alexelaga.

Pärnu Jahtklubi tähistas Merekultuuriaastal oma 110. juubeliga ning Jahtklubi õuel anti üle suvepealinna tiitel. Toimus eskaadrisõit jõel ning korraldati tegevusi suurtele ja väikestele. Toimus klubiliikmete vastuvõtt klubiruumis, kohal olid külalised teistest klubides, k.a HSK-st.

ORC avamerepurjetamise Euroopa Meistrivõistlustel sai teise koha Aivar Tuulbergi meeskond jahil Katariina II ja kolmanda koha Ott Kikkase meeskond jahil Sugar 2. Hiljem peale protesti tulemusi krooniti Katariina II ORC avamerepurjetamise Euroopa meistriks ja Sugar saavutas II koha. Avamerepurjetamise ORC Maailmameistrivõistlustel sai Sugar 2 seitsmenda ja Katariina II kaheksanda koha.

2017. aastal korraldati teist korda Põhjamaade Noorte Meistrivõistlused purjetamises. Avamerepurjetamise ORC-klassi Euroopa meistrivõistlustel Poolas võitis C-grupis hõbemedali  Katariina II ja pronksimedali  Sugar 2.